Jonathan Rubin est né à Sydney. Il a commencé sa carrière musicale en tant que guitariste. En 1973, l'Australia Council lui a accordé une bourse d'études à la Schola Cantorum Basiliensis, où il a obtenu un diplôme de musique ancienne en 1977. Il a ensuite perfectionné ses talents de continuiste au luth, au théorbe et à la guitare baroque.
De 1976 à 1982, il a participé à plus de 500 concerts du cycle “Monteverdi” dirigé par Nikolaus Harnoncourt et mis en scène par Jean-Pierre Ponnelle, production qui a été présentée dans de nombreux festivals européens et a fait l’objet d’un enregistrement audio/vidéo.
Il a également suivi des cours d’interprétation en Israël, en Allemagne, en Australie et à Hong Kong. Il a publié plusieurs éditions pour luth avec la Tree Edition pour des œuvres de Purcell, Weiss, Satie, Débussy et Anna Magdalena Bach. Sa conception novatrice du luth est exposée dans une série d’articles parus dans la Lute Society Newsletter.
Elle collabore également avec Michel Corboz et laEVL, le Freitagsakademie, Christophe Rousset et le Talens Lyriques, Marc Minkowski et Les Musiciens du Louvre, Jean-Claude Malgoire et La Grande Ecurie du Roy, Jordi Savall, Hervé Niquet, Heinz Holliger, Jill Feldman, Albert Recasens et La Grande Chapelle, Monika Mauch, Nima ben David, Judith Nelson, Gabriele Fontana.
En 1986, il entame une collaboration régulière avec William Christie et Les Arts Florissants, notamment lors de la production de “Il ritorno di Ulisse in patria” de Claudio Monteverdi.
Jonathan Rubin a participé à plus de 60 enregistrements en tant que continuiste, dont un CD pour luth et basse de viole.
Il enseigne le luth au Conservatoire Populaire de Musique de Genève depuis 2000 et le luth au Conservatoire de Musique de Genève depuis 1980.