Jonathan Rubin nació en Sydney. Comenzó su carrera musical como guitarrista. En 1973, el Australia Council le concedió una beca en la Schola Cantorum Basiliensis, donde se graduó en música antigua en 1977. Después perfeccionó sus dotes de continuista con el laúd, la tiorba y la guitarra barroca.
De 1976 a 1982, participó en más de 500 conciertos del ciclo “Monteverdi” dirigido por Nikolaus Harnoncourt y puesto en escena por Jean-Pierre Ponnelle, producción que se presentó en numerosos festivales europeos y fue objeto de una grabación audio/vídeo.
También imparte cursos de interpretación en Israel, Alemania, Australia y Hong Kong. Ha publicado varias ediciones para laúd con la Tree Edition de obras de Purcell, Weiss, Satie, Débussy y Anna Magdalena Bach. Su innovadora concepción del laúd se expone en una serie de artículos del Boletín de la Sociedad del Laúd.
También colabora con Michel Corboz y el EVL, la Freitagsakademie, Christophe Rousset y la Talens Lyriques, Marc Minkowski y Los músicos del Louvre, Jean-Claude Malgoire y La Grande Ecurie du Roy, Jordi Savall, Hervé Niquet, Heinz Holliger, Jill Feldman, Albert Recasens y La Gran Capilla, Monika Mauch, Nima ben David, Judith Nelson, Gabriele Fontana.
En 1986, inició una colaboración regular con William Christie y Les Arts Florissants, en particular durante la producción de “Il ritorno di Ulisse in patria” de Claudio Monteverdi.
Jonathan Rubin ha participado en más de 60 grabaciones como continuista, incluido un CD para laúd y viola bajo.
Es profesor de laúd en el Conservatoire Populaire de Musique de Genève desde 2000 y profesor de laúd en el Musique de Genève desde 1980.