Jonathan Rubin wurde in Sydney geboren. Er begann seine musikalische Karriere als Gitarrist. 1973 gewährte ihm der Australia Council ein Stipendium an der Schola Cantorum Basiliensis, wo er 1977 sein Studium der Alten Musik abschloss. Anschließend verfeinerte er seine Fähigkeiten als Continuospieler auf Laute, Theorbe und Barockgitarre.
Von 1976 bis 1982 wirkte er in mehr als 500 Konzerten des Monteverdi-Zyklus’ unter der Leitung von Nikolaus Harnoncourt und in der Inszenierung von Jean-Pierre Ponnelle mit, eine Produktion, die bei zahlreichen europäischen Festivals aufgeführt wurde und Gegenstand einer Audio-/Videoaufnahme war.
Außerdem hält er Dolmetscherkurse in Israel, Deutschland, Australien und Hongkong. Bei der Tree Edition hat er mehrere Lautenausgaben für Werke von Purcell, Weiss, Satie, Débussy und Anna Magdalena Bach veröffentlicht. Seine innovative Konzeption der Laute wird in einer Reihe von Artikeln im Newsletter der Lute Society beschrieben.
Sie arbeitet auch zusammen mit Michel Corboz und dieEVL, die Freitagsakademie, Christophe Rousset und die Talens Lyriques, Marc Minkowski und Les Musiciens du Louvre, Jean-Claude Malgoire und La Grande Ecurie du Roy, Jordi Savall, Hervé Niquet, Heinz Holliger, Jill Feldman, Albert Recasens und Die große Kapelle, Monika Mauch, Nima ben David, Judith Nelson, Gabriele Fontana.
Seit 1986 arbeitet er regelmäßig mit William Christie und Les Arts Florissants zusammen, insbesondere bei der Aufführung von Claudio Monteverdi “Il ritorno di Ulisse in patria”.
Jonathan Rubin hat an mehr als 60 Aufnahmen als Continuist mitgewirkt, darunter eine CD für Laute und Bratschenbass.
Seit 2000 ist er Dozent für Laute am Conservatoire Populaire de Musique de Genève und unterrichtet seit 1980 Laute am Conservatoire de Musique de Genève.