Jonathan Rubin è nato a Sydney. Ha iniziato la sua carriera musicale come chitarrista. Nel 1973 l'Australia Council gli ha assegnato una borsa di studio per la Schola Cantorum Basiliensis, dove ha conseguito il diploma in musica antica nel 1977. Ha poi perfezionato le sue abilità come continuista con liuto, tiorba e chitarra barocca.
Dal 1976 al 1982, ha preso parte a più di 500 concerti del ciclo “Monteverdi” diretto da Nikolaus Harnoncourt e messo in scena da Jean-Pierre Ponnelle, produzione presentata in numerosi festival europei e che è stata oggetto di una registrazione audio/video.
Tiene anche corsi di interpretazione in Israele, Germania, Australia e Hong Kong. Ha pubblicato diverse edizioni per liuto con la Tree Edition per opere di Purcell, Weiss, Satie, Débussy e Anna Magdalena Bach. La sua concezione innovativa del liuto è esposta in una serie di articoli nella Lute Society Newsletter.
Collabora inoltre con Michel Corboz e l’EVL, la Freitagsakademie, Christophe Rousset e i Talens Lyriques, Marc Minkowski e Les Musiciens du Louvre, Jean-Claude Malgoire e La Grande Ecurie du Roy, Jordi Savall, Hervé Niquet, Heinz Holliger, Jill Feldman , Albert Recasens e La grande cappella, Monika Mauch, Nima ben David, Judith Nelson, Gabriele Fontana.
Nel 1986 inizia una collaborazione regolare con William Christie e Les Arts Florissants, in particolare durante la produzione di “Il ritorno di Ulisse in patria” di Claudio Monteverdi.
Jonathan Rubin ha partecipato a più di 60 registrazioni come continuista, tra le quali un CD per liuto e basso di viola.
Dal 2000 Insegna liuto al Conservatoire Populaire de Musique de Genève ed è docente di liuto presso il Conservatoire de Musique de Genève dal 1980.